Desde o início da criação, as legiões angelicais do Paraíso Celestial e as hordas demoníacas do Inferno Ardente travaram uma guerra conhecida como o Conflito Eterno. Após eras de confronto, indivíduos de ambos os lados cansaram de lutar e buscaram um novo lar onde poderiam co-existir em paz.
Usando os poderes de um artefato conhecido como A Pedra do Mundo, eles criaram Santuário, um reino oculto tanto do Paraíso quanto do Inferno.
Os anjos e demônios que viviam em Santuário se relacionaram, dando origem a poderosos híbridos conhecidos como nefalem - a primeira geração de humanos. Com o passar dos anos, os anjos temeram o potencial dos nefalem, e usaram a Pedra do Mundo para limitar o poder de seus filhos. A humanidade lentamente esqueceu os poderes latentes em seu sangue.
Finalmente, o Paraíso e o Inferno descobriram a existência de Santuário, e lutaram no mundo todo na horrível Guerra do Pecado. Quando o confronto chegou a um impasse, ambos os lados concordaram em encerrar seu conflito em Santuário, deixando a humanidade à própria sorte. Porém Diablo, Mefisto e Baal - os Males Supremos e líderes do Inferno Ardente - buscavam uma forma de usar a humanidade como armas na guerra.
Esta meta trouxe discórdia aos demônios inferiores, que se revoltaram. As legiões do Inferno foram devastadas, mas eles exilaram os Males Supremos em Santuário. O arcanjo Tyrael, um dos líderes do Paraíso, sentiu a presença dos Males no mundo humano e criou secretamente os Horadrim, um grupo de magos, para caçar os Supremos. De posse das pedras das almas - relíquias que podiam conter a essência dos Supremos - os Horadrim aprisionaram sua presa, e esconderam as almas dos Três por toda Santuário.
Dois séculos passaram sem maquinações dos Males Supremos, até o rei Leoric escolher Tristram como seu novo domínio. Ele não sabia, mas uma presença malévola se escondia sob a pequena cidade. Ali estava aprisionado Diablo, O Senhor do Medo.
Eventualmente, o confinamento da sua Pedra das Almas Carmesim enfraqueceu, e Diablo conseguiu adentrar as mentes dos cidadãos. Sob a influência do demônio, um dos servos de Leoric - o Arcebispo Lázarus - libertou Diablo.
Com seu mestre livre, Lázarus tentou corromper o rei para fins malignos. Ele envenenava Leoric com ameaças imaginárias do reino vizinho de Hespéria, levando o monarca a mandar seu filho mais velho, o Príncipe Aidan, com um exército.
Lázarus então raptou o filho mais jovem do rei distraído, Príncipe Albrecht, para que Diablo possúisse a criança e ganhasse forma física.
Diablo se alimentou do medo da criança, e o mal sob Tristram se espalhou pela cidade.
Aidan voltou, jurando resgatar seu irmão e purificar Tristram. Aventureiros de toda parte se juntaram a ele, incluindo uma Arqueira da Irmandade do Olho Cego, e um Mago Vizjerei de Kehjistão, e muitos outros guerreiros treinados.
Os heróis foram ajudados pelos cidadãos sobreviventes de Tristram. Griswold, o Ferreiro forjou e consertou equipamentos para o grupo. Ádria, a Bruxa lhes proveu poções e feitiços. Deckard Cain, o último dos Horadrim, usou seu conhecimento para guiá-los em sua missão.
Lázarus foi morto nas profundezas de Tristram e Aidan desafiou Diablo, que havia possuído e transfigurado horrivelmente o corpo de Albrecht. Aidan destruiu a manifestação de Diablo... mas não pôde destruir a Pedra das Almas Carmesim. Temeroso de que Diablo ficaria livre para corromper mais inocentes, Aidan cravou a pedra em sua própria testa, numa tentativa de conter o demônio.
Cansado, Aidan voltou à Tristram, mas as celebrações pouco fizeram para acalmar a essência negra que assombrava sua mente. O príncipe partiu para o leste, em busca de respostas... e salvação.
Mesmo lutando contra a influência de Diablo, Aidan aos poucos se viu forçado a cumprir o propósito do demônio: libertar os outros Supremos. Aidan viajou para o Monastério, base da ordem conhecida como a Irmandade do Olho Cego. O espírito de Diablo evocou demônios terríveis que expulsaram os habitantes do monastério de seus lares. Marius, um vadio que havia se refugiado no Monastério, miraculosamente sobreviveu aos ataques.
Incerto de que os horrores que testemunhara eram apenas fruto de sua mente aturdida pelo ópio, Marius seguiu Aidan, a quem chamou de "O Errante Sombrio."
Um grupo de heróis, com o propósito de expulsar as trevas, juntaram-se a um pequeno acampamento construído pelas arqueiras sobreviventes. Entre eles:
Um bárbaro do Monte Arreat; Uma amazona das Ilhas Skovos; Um paladino da fé Zakarum; Uma maga de Kehjistão, e Um necromante das selvas do leste.
Após resgatar Deckard Cain das garras dos demônios, os heróis purificaram o monastério infestado com sua orientação, mas chegaram tarde demais para alcançar Aidan.
Acompanhado por Marius, Aidan viajou para uma tumba ao leste onde o grande Horadrim Tal Rasha se sacrificou, enterrando a Pedra das Almas Âmbar em seu peito para aprisionar Baal, o Senhor da Destruição.
Dentro da tumba, o arcanjo Tyrael lutou com Aidan. Enquanto isso, Baal enganou Marius e fez com que ele removesse a Pedra das Almas Âmbar do corpo murcho de Tal Rasha.
Aidan e Baal sobrepujaram Tyrael, e o aprisionaram na tumba, mas não antes que ele ordenasse Marius a levar o fragmento da Pedra das Almas de Baal para o Inferno Ardente e o destruir, pois isso iria banir o Senhor da Destruição (ou qualquer Mal Supremo) de Santuário. Quando os heróis chegaram na tumba, Marius e os Males Supremos já haviam partido. Os campeões libertaram Tyrael, que pediu a eles para seguirem os passos de Marius e que garantissem o sucesso de sua missão desesperada.
Os heróis da humanidade perseguiram Baal e Aidan em direção a Travincal, o centro da religião Zakarum, onde os Males libertaram seu irmão Mefisto de sua prisão. Novamente reunidos, os Supremos puseram seu plano de dominar a humanidade em ação: Diablo livrou-se do corpo mortal de Aidan e cruzou um portal para convocar as legiões do Inferno, e Mefisto ficou em santuário para garantir que ninguém interferisse.
Quando os heróis chegaram em Travincal, eles foram forçados a lutar não apenas contra Mefisto, mas contra os eruditos de Zakarum. Após um embate que abalou as fundações do covil de Mefisto, os campeões da humanidade derrotaram o Senhor do Ódio e levaram sua Pedra das Almas para o Inferno.
Nas profundezas do Inferno Ardente, os heróis estilhaçaram a Pedra das Almas de Mefisto na Bigorna da Aniquilação. E então, eles rastrearam Diablo até uma catedral marcada por eras de lava e rios de sangue. Foi neste local que os heróis enfrentaram o Senhor do Medo, usando toda sua bravura e força contra a a malevolência eterna de Diablo. Ele foi finalmente derrotado, e a Pedra das Almas Carmesim destruída no coração do Inferno.
Enquanto isso, Baal viajou para o norte numa missão para corromper a Pedra do Mundo, que traria toda a humanidade para o lado do mal. Mas primeiro, o Senhor da Destruição precisava evitar o destino de seus irmãos. Ele foi atrás de Marius, que tomado pelo medo e inacapaz de destruir a Pedra das Almas Âmbar, se escondeu em um asilo. Disfarçado como o arcanjo Tyrael, Baal ludibriou Marius e tomou a pedra para si... e então o matou cruelmente.
